施設・設備
建物 （延 3,931m2）
| 第1研究棟 鉄筋 3 階建 |
研究室 11 、実験室 9 、観測測定室 1 、分析測定室 1、 電顕室 2 、標本室 1 、機器室 1、図書室 1 、 演習室 1 、 低温室 1 、 暗室 2 、培養室 1、 印刷室 1、その他 4 |
|---|---|
| 第2研究棟 鉄筋 2 階建 |
研究室 4、実験室 4、講義・実習室 1、資料保存室 1、分析室 1、暗室 1、その他 3 |
| 第3研究棟 鉄筋 2階建 |
研究室 3、実験室 2、分析室 1、事務室 1、会議・セミナー室 1、共同研究スペース 1、その他 3 |
| 実習棟 鉄筋平屋 |
実習室 1、室内飼育室 2 |
| 海洋観測準備棟 鉄筋平屋 |
海洋観測室 1、資料保存室 1、作業室 1、その他 3 |
| 宿泊棟 鉄筋 3 階建 （一部 2 階建） |
洋室 24、和室 3、食堂 1、浴室 2、談話室 1 ほかに職員宿舎 4 |
| ポンプ棟 鉄筋 平屋 |
ポンプ室 1 |
| 式根島ステーション 木造平屋 |
宿泊棟 1 実験棟 １ |
センター教職員使用の研究室などのほかはすべて外来研究者・学生用に設けられたもので、共同利用の原則のもとに専門別に使用しやすいように設計されている。実習室はそれぞれ 30 ～ 40 名の学生を収容できる。宿泊棟は教官と学生あわせて 85 名の収容力をもっている。なお、宿泊費のほか食費などは実費支払いの立前をとっている。
研究設備
質量分析計、元素分析ー同位体比質量分析計、DNAシーケンサー、PCR装置（定量PCR含む）、遺伝子導入装置、オートクレーブ、乾熱滅菌器、マイクロプレートリーダー、電気泳動装置、化学発光ゲル撮影装置、各種遠心機、各種光学顕鏡、共焦点レーザー顕微鏡、電子顕微鏡（TEM, SEM）、軟エックス線撮影装置、光学顕微鏡用切片作製装置、カルシウムイメージング装置、海洋生物環境動態イメージングシステム、CCDカメラ、高速ビデオカメラ、HPLC、凍結乾燥機、ロータリエバポレータ、分光光度計、蛍光分光計、インキュベータ、超低温槽などの研究機器。海産生物飼育施設、恒温循環水槽、組換えDNA実験室（P1,P2）、実験動物飼育室（マウス）、トランスジェニックホヤ維持施設などの実験飼育施設。
船舶
ディーゼル機関付 つくばⅡ（１９トン、６１２馬力×２基、定員４０名）、カレッタ（０．５トン、９．９馬力、定員６名）、インフレータブルボート SMRC（８馬力、定員４名）、FRPボート オベリア（定員２名）
光熱・水道
各室に電気（100 V, 200 V）、上下水、海水、プロパンガスを供給している。
その他
現在の年間利用者数は延７４００名を超える。今後新しい研究分野をカバーできるような設備と、研究用の生きた材料を確保するための施設を充実させていく方針とともに、周辺海域の環境保全に努めている。