所在地と環境

下田市は伊豆半島の先端に近く、寄港地として古くから栄え、黒船来航以来文明開化の先端をになった歴史をもっている。1961年（昭和36年）伊豆急電車が伊東～下田間に敷設されて東京と直結し、さらに東海岸、西海岸および中央縦貫道路の整備が進んで、陸の交通は便利になった。
センターは下田市街より丘をひとつへだて、下田湾の分枝である鍋田湾の奥に位置する。湾外は直ちに黒潮洗う外洋であるが、湾内にはわずかながら内湾的環境も散見される。

センターで研究や実習に使われている動物には、クロイソカイメン、ヒメエダミドリイシ、イソバナ、ヒザラガイ、ウノアシ、タツナミガイ、ウミホタル、シリケンウミセミ、ウミクワガタの1種、ミナミナギサクーマ、コンブノネクイムシ、ツガルワレカラ、クルマエビ、イセエビ、ムラサキウニ、バフンウニ、ムラサキクルマナマコ、ミダレキクイタボヤ、ミサキマメイタボヤ、ウスイタボヤ、イタボヤなどや各種の魚類がある。
また、伊豆半島では 400 種余の海藻が知られているが、下田周辺に発達した褐藻アラメ・カジメの海中林は他に例がみられないほど見事である。